Das romanische Langhaus der alten Kirche, die damals noch unter dem Patronat von St. Quintinus stand, wurde 1737 abgerissen. An die Westseite des Rundturmes baute man ein neues nord-süd-orientiertes Schiff an, so dass ein größerer Kirchenraum entstand. Den Turm wurde im Zuge dieses Umbaus mit einem Steinhelm versehen.
1809 wurde die Heiligen Margareta von Antiochia zur Kirchenpatronin erklärt. Sie gilt als die Schutzheiligen von Bauern, Jungfrauen, Schwangeren und Ammen. Als die Kirchenräume Anfang des 19. Jahrhundert für die wachsende Zahl von Gläubigen zu klein geworden war, begann man 1831 unter der Leitung des Bezirksingenieurs Paul Camille von Denis aus Zweibrücken mit Planungen die Kirche auf ihre heutigen Maße zu vergrößern. Die neugebaute Bebelsheimer Kirche, in der nun erstmals auch eine Empore war, wurde am 7. Juli 1842 feierlich eingeweiht.
Das Innere der Kirche
Beim Betreten des Kirchenraumes fällt der Blick auf den schönen Hochaltar in der Mitte des Chores. Er zeigt Kunstformen des Barocks. In den beiden Nischen finden sich die Figuren der beiden Kirchenpatrone St. Quintinus und St. Margareta (beide 15. Jahrhundert). Die Altäre kamen im 18. Jahrhundert, die Muttergottessäule des Seitenaltars im Jahr 1861 in die Kirche. Die Lourdesgrotte im hinteren Bereich der Kirche erbauten und finanzierten nach dem Ersten Weltkrieg drei Bebelsheimer Familien.
Die Kirche wurde im Zweiten Weltkrieg schwer beschädigt. In den Jahren 1947 bis 1956 wurde die Kirche unter der Leitung des Architekten Wilhelm Schulte jun. (Speyer) unter großen Entbehrungen wieder aufgebaut. Aus den im Krieg beschädigten beiden Seitenaltären fertigte man den neuen Seitenaltar vorne rechts im Chor an. Die barocke Kanzel, die Kommunionbank und das Kirchengestühl mussten neu angeschafft werden. 1968 konnten schließlich auch zwei neue Glocken eingeweiht werden. Wesentlich zur Verschönerung der Kirche trug auch der Kreuzweg an den Außenwänden bei. Weitere Renovierungen erfolgten zwischen 1988 und 1900 (Kircheninneres) und zwischen 2007 und 2008 (Restaurierung des Turmes und des Turmdaches).
Die Orgel auf der Empore der Kirche wurde 1968 von der Firma Hugo Mayer Orgelbau aus Heusweiler erbaut. Das Instrument, mit 20 Registern und 2 Manualen, besitzt einen freistehenden Spieltisch. Die Windladen sind Schleifladen mit mechanischer Spiel- und elektrischer Registertraktur.
Der Pilgerweg nach Gräfinthal
Seit im Jahr 1243 das Kloster in Gräfinthal gegründet wurde, ist es das Ziel von Pilgern. Als im 19. Jahrhundert innerhalb von nur 15 Jahren 40 junge Frauen im Kindbett verstarben, gelobte die verzweifelte Pfarrei im Jahre 1866 jährlich einmal nach Gräfinthal zu pilgern. Dieses Gelöbnis wird bis heute erfüllt.
Das Wunder der Madonna mit den Pfeilen, das der Überlieferung nach zur Gründung des Klosters Gräfinthal geführt hatte, ereignete sich auf dem Brudermannsfeld bei Bebelsheim. Den Pilgerweg dorthin säumen neun Wegekreuze, von denen das Älteste aus dem Jahr 1695 stammt. Seit 2006 ist der Pilgerpfad auch offiziell als Teilstrecke des Jakobsweges ausgeschildert.